平戸オランダ商館は、1630年代に行われた敷地の拡張工事によって、ほぼ現在の地形が整い、この海岸石垣も当時のものである。
ここには、オランダ国旗が翻っていたが、商館が長崎へ移転したのち、1643（寛永20）年に常夜燈が設置され、夜間の船の航行に危険な平戸瀬戸の灯台として機能していた。

1613（慶長18）年に設置され、1623（元和9）年に撤退するまでの10年間、平戸を拠点として日本との貿易活動を行った。
当初は、中国人商人李旦の家屋を借りて商館施設とし、徐々に拡張していった。
最終的には対日貿易で成果を上げることが出来ず、商館を閉鎖、日本から撤退する。

王直屋敷
1541（天文10）年、明（中国）の海商の王直は、この地に唐風の居宅を構え松浦家25代隆信(たかのぶ)（道可(どうか)）の寵を得て15年間、栄華を極めた所である。
1588（天正16）年、領主の隠宅として用いられるようになり、印山寺と呼ばれるようになった。

天門寺跡
1550（天文19）年、ポルトガル貿易船の入港をもって、平戸の西洋貿易が始まった。そして、1561（永禄４）年平戸人とポルトガル船員との間に起こった宮ノ前事件が原因で平戸を去ったが、２年後再び平戸に戻ったので、松浦家25代隆信(たかのぶ)（道可(どうか)）は歓迎し、この地にカトリック教会天門寺（御宿りのサンタマリア教会）建立を許可したのである。